test de depistage virologique par PCR et par tests rapides

Actuellement, le diagnostic et le dépistage sont réalisés par une recherche du virus, à partir d’un prélèvement nasopharyngé. (en savoir plus sur le prélèvement naso-pharyngé) soit par PCR soit par test antigénique. Le prélèvement nasopharyngé est le prélèvement de choix car le nasopharynx est le lieu de la réplication virale et donc c’est à cet endroit que la charge virale est la plus importante en début d’infection.

La sérologie est indiquée pour les diagnostiques de rattrapage (PCR Négative et symptômes évocateurs d’une infection COVID).

En cas de contre indication au prélèvement nasopharyngé, la detection du virus (ARN) peut être réalisée sur des prélèvements autres que nasopharyngés : prélèvement de salive, oropharynx.

La charge virale étant moins importante dans ces sites, il est important de coupler ces prélèvements à une technique très sensible.

La RT PCR sur prélèvement salivaire va t elle supplanter les tests antigéniques sur prélèvement nasopharyngé ?

Quelle est la place des tests antigéniques ?

Avantage : la rapidité. En effet, les résultats sont disponibles en moins de 30 minutes

Limite : la sensibilité est plus faible que la RT PCR. Un résultat négatif doit ainsi être contrôlé, dans certains cas, par une RT PCR.

Indications : les tests antigéniques sont indiqués et doivent être réservés prioritairement pour les patients symptomatiques ayant des symptômes depuis moins de 4 jours. Ils peuvent aussi être utilisés chez les asymptomatiques qu’ils soient contacts ou pas.

Quelle est la place des tests PCR sur prélèvements salivaires ?

Les indications du prélèvement salivaire (Prélèvements salivaires aseptiques par salivation simple ou pipetage sublingual) sont les suivantes :

1 .En première intention dans le cadre d’un diagnostic itératif ciblé à large échelle sur population fermée (prélèvement non facturable)
2 .Diagnostic des patients symptomatiques et des personnes-contacts en seconde intention lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficilement ou non réalisable

La perte de sensibilité des tests RT PCR salivaires face aux tests RT PCR nasopharyngés est de 3 à 13 %. Seuls certains tests PCR sont validés pour le prélèvement salivaire. La liste est disponible ici.

Quelle est la place des prélèvements oropharyngés (intérêt et limites) pour le diagnostic d'une infection par SARS-CoV-2 ?

Les prélèvements oropharyngés sont réservés au dépistage ou détection des cas contact pour les patients asymptomatiques pour lesquels le prélèvement nasopharyngé se révèle impossible ou difficile.

Quelle est la place des tests salivaires rapides ?

La HAS est favorable à l’utilisation et au remboursement des tests EasyCov chez les patients symptomatiques pour lesquels le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficilement réalisable. En effet, même si ce test est moins performant que le test RT-PCR nasopharyngé – qui reste le test de référence – cette baisse de sensibilité et de spécificité est compensée par l’acceptabilité et la rapidité de réalisation, avec un résultat en 40 minutes contre plusieurs heures au minimum pour la RT-PCR. Il n’est plus nécessaire de contrôler un résultat positif par un test RT-PCR.

L’ARS AURA évalue un test rapide (15 min) par autoprélèvement salivaire du 22 au 28 février 2021. Pas de précision sur la technique utilisée.

A suivre ….

Quels sont les dispositifs permettant un prélèvement salivaire ?

Le prélèvement peut être de type salivaire pour certains dispositifs, dont la liste est mise en ligne sur le site internet du ministère chargé de la santé.

Toutes ces techniques sont des techniques d’amplification génique (RT PCR ou RT LAMP).

Pourquoi les tests salivaires dit "rapides" ne sont pas disponibles en Pharmacie ?

Légalement, pour le moment, le test RT LAMP (EasyCov) dit « rapide » doit être réalisé par un professionnel de santé et la phase d’analyse peut être réalisée en laboratoire ou par un médecin.

Les autotests seront ils disponibles en Pharmacie ?

Dans un premier temps, et avant tout déploiement supplémentaire, une expérimentation sera menée au cours du mois de mars ». Le déploiement de ces autotests commencera ensuite, encadré par des professionnels de santé, notamment pour des dépistages groupés. L’objectif : « Atteindre des populations qui se testent moins que les autres, ou qui ont besoin de se faire tester régulièrement » : lycéens, étudiants, ou encore personnes sans domicile fixe. C’est ce que la DGS appelle « la démarche d’’aller-vers' ».

La vente en pharmacie ne pourra intervenir que plus tard et peut-être ensuite en grande surface, au moins dans certaines parapharmacies.

Le dépistage par tests PCR à partir d'un prélèvement rectal est il pertinent ?

Le virus SARS Cov 2, étant un virus respiratoire, il est détectable dans les selles plus tardivement que dans les prélèvements de la sphère ORL. Ce type de prélèvement n’est donc pas adapté pour le dépistage et le diagnostic en début d’infection.

Quels tests COVID avant une chirurgie ?

Une nouvelle version (décembre 2020) des Recommandations de Pratiques Professionnelles : « Préconisations pour l’adaptation de l’offre de soins en anesthésie-réanimation dans le contexte de pandémie de COVID-19 » a été établie par la Société Française d’Anesthésie et de Réanimation.

Les résultats de la RT-PCR doivent être rendus conformément aux récentes recommandations de la Société Française de Microbiologie, introduisant la notion de PCR faiblement positive, pouvant correspondre à la persistance d’ARN viral sans virus infectant au niveau naso-pharyngé. En ce sens, l’algorithme de dépistage préopératoire de chirurgie programmée a été modifié.

Quelles techniques diagnostiques pour le SARS Cov 2 ?