Pneumocystose
La pneumocystose humaine est une mycose profonde due à un champignon, Pneumocystis jirovecii, à comportement opportuniste responsable de pneumopathies interstitielles. L’expression pathologique de cette anthroponose est le signe d’une dégradation de l’état immunitaire de l’hôte, en particulier de l’action des lymphocytes T. Elle fait partie des infections fongiques invasives (IFI) et survient chez des patients immunodéprimés et en particulier ceux infectés par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) dont le taux de lymphocytes CD4 est inférieur à 200/mm3 . Au niveau alvéolaire, une diminution du nombre de T CD4 et de l’activité de phagocytose par les macrophages permettrait l’implantation du champignon. Chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH), la pneumocystose est l’infection opportuniste la plus fréquente mais sa fréquence a fortement décru depuis l’introduction en 1996 des traitements par antiprotéases dans les thérapies antirétrovirales et l’instauration du traitement prophylactique d’une pneumopathie à Pneumocystis jirovecii (PPJ). En revanche, la fréquence de la pneumocystose est croissante dans d’autres déficits immunitaires et de nouvelles populations de patients à risque sont apparues : patients transplantés ou greffés de cellules souches hématopoïétiques (CSH), souffrant de maladies inflammatoires ou auto-immunes, d’hémopathies malignes avec corticothérapie au long cours et plus rarement de cancers solides. Ces derniers groupes constituent à l’heure actuelle, la population la plus à risque d’évolution péjorative d’une PPJ. L’extension extra-pulmonaire avec dissémination est rare, signe d’une profonde immunosuppression.
Modification des libellés des actes de biologie médicale
La HAS a évalué la proposition de la CNAMTS qui vise à inscrire sur la LAP deux nouveaux actes spécifiques :
la recherche de l’agent infectieux par lecture directe au microscope dans les sécrétions respiratoires après colorations adaptées ou immunofluorescence (IF) et la recherche de l’ADN fongique par amplification génique sur les mêmes types de sécrétions.
Cette évaluation permet également de préciser les indications et les modalités de la recherche de pneumocystose par techniques microscopiques, par PCR et par dosage de l’antigène sérique β -(1-3)- D – glucane (BG).
En conséquence:
1° Concernant la recherche directe et l’identification de Pneumocystis jirovecii, par examen microscopique dans les sécrétions respiratoires, la Haute Autorité de santé est favorable à son inscription sur la LAP (service attendu [SA] suffisant et amélioration du service attendu [ASA] de niveau IV de la manière suivante :
a) lors de suspicion de pneumocystose, notamment en cas de pneumopathie interstitielle chez une personne immunodéprimée (contexte clinique évocateur) ;
b) le liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) est le prélèvement à privilégier pour la recherche de P jirovecii, à défaut l’expectoration induite. Les autres types de prélèvements respiratoires, aspiration nasopharyngée ou trachéale, rinçages rhino-pharyngés sont possibles (en particulier chez l’enfant) mais l’examen présente alors une sensibilité analytique plus faible (charge fongique moindre) ;
c) en ce qui concerne les techniques de révélation, l’immunofluorescence (IF) (directe ou indirecte) utilisant des anticorps apparaît plus sensible que les méthodes par coloration. Afin de détecter les deux formes colorables de P. jivorecii (asques/ascospores et formes trophiques) et d’augmenter la sensibilité de l’examen, l’association de deux techniques complémentaires est préconisée : soit deux techniques de coloration, soit l’IF couplée à une coloration. L’examen direct au microscope est l’examen de première intention dans l’identification d’une infection due à P. jivorecii.
2° Concernant la recherche de l’ADN de P. jivorecii par amplification génique, la Haute Autorité de santé est favorable à son inscription sur la LAP (SA suffisant et amélioration du service attendu de niveau IV).
Cette recherche :
a) est indiquée lors de suspicion clinico-radiologique de pneumocystose, en complément de l’examen au microscope si celui-ci est négatif ;
b) est effectuée sur des prélèvements d’origine respiratoire ;
c) doit être effectuée par technique de PCR en temps réel (qPCR) ;
d) n’est pas indiquée à ce jour dans le suivi thérapeutique d’une PPJ. En l’absence de standardisation de la technique, le rendu des résultats contient les éléments chiffrés de la méthode utilisée discriminant la positivité, la colonisation et l’infection aiguë afin de guider la décision thérapeutique.
3° Concernant la recherche dans le sang de l’antigène soluble β -(1-3)- D – glucane (BG), la Haute Autorité de santé est favorable à son inscription sur la LAP (SA suffisant et ASA de niveau IV) de la manière suivante :
a) examen à réaliser dans un contexte clinico-radiologique évocateur face à des difficultés diagnostiques, notamment l’impossibilité de réaliser un LBA ;
b) par technique colorimétrique (test basé sur une modification du mécanisme du lysat d’amœbocyte de limule) ;
c) en cas de résultat négatif, la présence d’une pathologie fongique peut être exclue (le BG est un marqueur panfongique) ; en cas de positivité, des tests spécifiques sont à mettre en œuvre afin d’identifier le genre fongique responsable de la pneumopathie ;
d) cette recherche n’a pas d’utilité dans le suivi thérapeutique
